冷冻干燥机广泛应用于生物工程、医药工业、食品工业、材料科学和农副产品深加工等领域。医药冷冻干燥机包括西药和中药两部分。
西药冷冻干燥在国内已发展到一定程度，许多较大的制药厂都有冷冻干燥设备。在注射剂方面，广泛采用冷冻干燥工艺，提高了药品的质量和保存期，给医患双方都带来了好处。
但目前冻干药品品种不多，产品价格高，干燥工艺不先进。在中药方面，仍局限于人参、鹿茸、山药、冬虫夏草等少量中药材的冷冻干燥。
大量中成药尚未采用冻干工艺，远远落后于国外。
几年前，日本推出了“西药”，改变了中药的冲泡方法，解决了中药不能制成注射剂或片剂的问题，解决了中药不能治疗急性病的问题。因此，我国中药冻干工艺及产品研究有很大的潜力可挖掘。
在生物技术产品领域，冷冻干燥技术主要用于生产血清、血浆、疫苗、酶、抗生素、激素等药物;生化检验药品、免疫学、细菌学检验药品;血液、细菌、动脉、骨骼、皮肤、角膜、神经组织和各种器官的长期保存。
与常规方法相比，冷冻干燥方法具有以下优点:
*许多热敏性物质不会变性或灭活。
*低温干燥时，物质中的一些挥发性成分损失很少。
*在冷冻干燥过程中，微生物的生长和酶的作用不能进行，因此可以保持原有的性质。
*由于在冷冻状态下干燥，体积几乎不变，保持原有结构，不会发生浓缩现象。
*由于物料中的水分在预冻后以冰晶的形式存在，使得原本溶于水的溶解无机盐均匀地分布在物料中。
在升华过程中，溶解在水中的溶解物质被沉淀，避免了一般干燥方法中由于物料内部水分迁移到表面所携带的无机盐析出而引起的表面硬化现象。
*物料干燥后疏松多孔，呈海绵状。加水后，溶解迅速而彻底，几乎立即恢复原来的性质。
*由于干燥是在真空下进行的，氧气很少，一些容易氧化的物质受到保护。
*干燥可除去95% ~ 99%以上的水分，使干燥后的产品可长期存放而不变质。
*由于物料处于冻结状态，温度很低，用于加热的热源温度不高，选用常温或低温加热器均可满足要求。
如果冷冻室和干燥室分开，干燥室不需要隔热，也不会有大量的热损失，因此热能的利用是非常经济的。
